Durant cette période (1990-1998), l’Agence va connaître un premier développement important, à remettre dans le contexte d’une régionalisation plus poussée du commerce extérieur. Celle-ci sera notamment concrétisée par les Accords de la Saint-Michel (1992) coulés en force de loi en juillet 1993, lesquels organisent la régionalisation du Fonds du commerce extérieur, alors géré par l’Office belge du Commerce extérieur (OBCE), et le transfert aux régions du réseau des Attachés économiques et commerciaux.  

Ces décisions politiques et leur prolongement légal ne font en réalité que renforcer un mouvement en marche depuis l’automne 1990 et qui vise à consolider les moyens et missions des nouvelles agences régionales de promotion des exportations.

En octobre 1990, un Arrangement est signé entre l’Etat et les Régions pour fixer les modalités de coordination des activités de commerce extérieur.

Cet Arrangement va être prolongé par de nouvelles dispositions qui vont concrétiser de réels transferts de moyens humains (dont les Attachés économiques et commerciaux et le personnel de l’OBCE), budgétaires et patrimoniaux (1990-1994), mais également un renforcement des missions opérationnelles en faveur des régions (Accord de coopération du 17 juin 1994) entre l’Etat fédéral et les Régions relatif aux Attachés économiques et commerciaux et aux modalités de promotion des exportations.

Quelques années plus tard, la loi spéciale du 13 juillet 2001 attribuera la compétence résiduaire aux Régions en matière de commerce extérieur, en proclamant explicitement la régionalisation de la politique des débouchés et des exportations, à l'exception de deux  domaines :

• l'octroi des garanties contre les risques à l'exportation, à l'importation et à l'investissement (Finexpo et Office nationale du Ducroire, devenu CREDENDO) 
• la politique commerciale multilatérale.

C’est également de cette loi que découle l'accord de coopération conclu le 24 mai 2002, créant l'Agence (fédérale) pour le Commerce extérieur (ACE) qui succède à l'OBCE. Les missions de l'ACE portent sur l'organisation, avec les régions, des missions économiques princières (2/an) et des visites d’Etat avec volet économique (2/an), ainsi que sur la documentation. Son personnel est plafonné (50 ETP) ainsi que son budget.